Основными направлениями его научной деятельности являются:

- разработка теоретических и технологических основ преобразования возобновляемой энергии (солнечной, ветровой и гидроэнергии) при проектировании и строительстве энергетических объектов для сетевой и автономной энергетики, в том числе в арктических условиях;

- Оценка природно-климатических и метеорологических характеристик окружающей среды и их влияние на строительные, инженерные сооружения и режимы их функционирования, в том числе в условиях климатических изменений.

 - Обоснование и исследование энергоэффективных технологий и принципов энергосбережения, в том числе с использованием возобновляемых видов энергии, в строительстве и инженерном обустройстве зданий и сооружений.

 Он один из авторов «Концепции развития возобновляемых источников энергии в России (1994г), «Концепции развития ветровой энергетики в России» (2002г.), Справочника по ресурсам возобновляемых источников энергии России и местным видам топлив (2007г.), учебно-справочного пособия «Оценки ресурсов возобновляемых источников энергии в России» (2008), монографий «Климатические факторы возобновляемых источников энергии» (2011) и «Водноэнергетические режимы ГЭС в условиях климатических изменений (2017). Автор монографии «Возобновляемая энергетика», выдержавшей три издания (2011, 2013, 2016).

Автор более 250 публикаций по энергетике и строительсту, в том числе автор 8 монографий, 13 авторских свидетельств и патентов РФ, более 20-ти учебников и учебных пособий. Более 30 статей индексировано в Scopus.

Елистратов В.В – член Правления, зам. председателя НТС Российской Ассоциации Ветроиндустрии, председатель научного совета по проблемам возобновляемых источников энергии СПб Центра РАН, член бюро научно-технического совета ОАО «РусГидро», член Экспертного Совета ВАК. Является Членом Международной ветроэнергетической ассоциации WorldWindEnergyAssociation (WWEA).

Член редколлегии журналов ВАК: «Альтернативная энергетика и экология», «Вестник СГАСУ. Градостроительство и архитектура», «Гидротехническое строительство», «Гелиотехника», «Электричество», «С.О.К.», «Инженерно-строительный журнал» (1Q) и др.